| 第46話 破滅への扉 | |
| 味方初期ユニット （パイロット） |
主人公機、フリーダムガンダム（M）（キラ）、ジャスティスガンダム（M）（アスラン）、バスターガンダム（ディアッカ）、 ストライクガンダム（ムウ）、味方ユニット×10、アークエンジェル、ナデシコ ナスカ級（NPC）、シグー（NPC）×2、ジン（NPC）×4 |
| 味方増援ユニット （パイロット） |
敵全滅後：デュエルガンダムAS（イザーク：NPC）、シグー（NPC）×2、ジン（NPC）×4 |
| 敵初期配置ユニット （パイロット） |
ストライクダガー×3、デルフィニウム×2、核ミサイル×15 |
| 敵増援配置ユニット （パイロット） |
敵全滅後（1回目）：ドミニオン（ナタル）、カラミティガンダム（オルガ）、レイダーガンダム（クロト）、フォビドゥンガンダム（シャニ）、 ストライクダガー×6、メビウス×10 敵全滅後（2回目）：ラフトクランズ（フー=リー）、ラフトクランズ（ジュア=ム）、ヴォルレント×2、ドナ・リュンピー×3、 ガンジャール×3、リュンピー×12 |
| 入手パーツ等 | ドミニオン（ナタル）：超合金ニューZα、プロペラントタンク カラミティガンダム（オルガ）：プロペラントタンク、カートリッジ レイダーガンダム（クロト）：プロペラントタンク、カートリッジ フォビドゥンガンダム（シャニ）：プロペラントタンク、カートリッジ ラフトクランズ（フー=リー）：バリアL発生装置 ラフトクランズ（ジュア=ム）：非常食、底力+2 |
| シナリオ終了後 参入・離脱ユニット |
参入：それぞれのルートのメンバー 追加換装パーツ：ミーティア（フリーダムガンダム、ジャスティスガンダム） |
| 備考 | ・シナリオ開始時にそれぞれのルートのメンバーと合流 ・ドミニオン（ナタル）を撃墜すると連合軍（赤）は全機撤退 ・連合軍（赤）が全機撤退又は全滅後、ザフト軍（黄）は全機撤退 ・ラフトクランズ（フー=リー）はHP5500以下で撤退 ・ラフトクランズ（ジュア=ム）はHP5500以下で撤退 ・シナリオ終了後、ルート分岐有り（下記以外は主人公と同じルート） 宇宙に残る：ガンダムSEED系、レイズナー系、テッカマンブレード系 地球に降りる：ナデシコ系、ブレンパワード系 |
※ターン数表示記号の意味：PP（プレイヤー側フェイズ）、EP（敵側フェイズ）