| 第2部から | |||
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| 第68話 | ディラド突入 | ||
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| シナリオセレクト | |||
| 第69話 │ 第70話 |
[ディラド星北部] 生命の種子が呼んだもの [ディラド星南部] 空虚な夢を見る者 |
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| 第71話 | 白熱の終章 | ||
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| 第72話 | 呪われしジャンヌ＝ダルク | ||
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| シナリオセレクト | |||
| 第73話 │ 第75話 |
[早乙女研究所] ゲッター線、その意味 [ボストン] 怨念を断つ剣 [鬼面城] 鬼面の怪 |
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| 第76話 | そのために今、生きている | ||
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| 第77話 | 海よ、大地よ | ||
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| ルート分岐（最終的に全ルートプレイ） | |||
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| ガンドールルート （地球） |
ナデシコルート （火星） |
ラーカイラムルート （月） |
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| 第78話 │ 第89話 |
シナリオセレクト | シナリオセレクト | シナリオセレクト |
| [獣戦機隊基地] 神の祝福を [バードス島] 明日なき総力戦 [ムートロン遺跡] ラ・ムーの星 |
[火星山岳地帯] 命持たぬ者たち [火星開拓基地] 大いなる胎動 [火星宙域] ブッチャーの最後の日 |
[月近海・暗礁空域] 白騎士の心 [テキサスコロニー] 復讐鬼たち [ネオジャパンコロニー] 悪魔と陰謀と |
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| 妖魔の島 | 燃える宇宙 | ただ地球の平和のために | |
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| 全ルート終了（全部終了していない場合は別ルート選択へ） | |||
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| 第90話 | 君の中の永遠 | ||
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| シナリオセレクト | |||
| 第91話 │ 第93話 |
[フィフスルナ] 宇宙の道標 [ストーンサークル] 『かつて』の意味 [グリーンオアシス宙域] 決着、そして新たな謎 |
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| 第94話 | マシンロボ・炎 | ||
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| 第95話 | マーズ・アタック | ||
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| 第96話 | 演算ユニットを奪え | ||
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| 第97話 | 誠実な心で | ||
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| 第98話 | 失われた者たちへの鎮魂歌 | ||
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| 第99話 | そして決戦の銀河へ | ||
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| 熟練度51以上 | ┃ | ||
| 第100話 | 忌まわしき記憶とともに | ┃ | |
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| 第101話 | メビウスの宇宙を越えて | ┃ | |
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| エンディング | |||